1- عدم حمایت مدیریت ارشد سازمان در مراحل خرید و اجرای مداوم
استقرار فنآوری تنها یک بخش از اجرای آموزش الکترونیکی می‌باشد. برای کسب موفقیت در درازمدت، مباحث سازمانی از مهمترین چالشها می‌باشند. مباحثی چون: پیوند آموزش و راهبرد تجاری سازمان، تأمین حمایت مالی، اولویت بندی نیازهای مربوط به فنآوری و متقاعد کردن کاربران به استفاده از این روش آموزشی بجای روش‌های پیشین.
بهترین شیوه: تشکیل کمیته پیاده سازی آموزش الکترونیکی که در آن یکی از مدیران بلند پایه شرکت در رده معاونین یا اعضای هیأت مدیره، به همراه اعضایی به نمایندگی از تمامی حوزه‌ها (از جمله دفتر فنآوری اطلاعات) برای راهبری توسعه، استقرار و رشد مداوم آموزش الکترونیکی، شرکت دارند.

2- محتوای آموزشی خسته کننده و ضعیف
محتوای ضعیف عامل شکست آموزش الکترونیکی بوده و دانشجویان را به سرعت پراکنده می‌نماید. محتوایی که تنها خواندنی باشد توجه دانشجو را جلب نمی‌کند. محتوایی که نیازهای آنان را برآورده ننماید نیز، بدون استفاده خواهد ماند.
بهترین شیوه: حصول اطمینان از اینکه محتوای آموزشی از نظر فنآوری دارای طراحی مناسب می‌باشد و دانشجویان را مجذوب خود می‌نماید. انتخاب دقیق محصولات آماده و یا سفارشی که منطبق با نیاز کارمندان و ضامن رشد حرفه‌ای آنان باشد، بهتر از خرید کتابخانه‌های حاوی صدها عنوان مطلب می‌باشد.

3- فنآوری که کاربرد آن سخت بوده و غیرمطمئن باشد
وقتی که استفاده از فنآوری، خود یک چالش برای دانشجو باشد، آموزش رخ نخواهد داد. حتی در صورت اجرا نیز، بکارانداختن فنآوری مسئله اصلی می‌شود و آموزش در مرتبه دوم قرار می‌گیرد.
بهترین شیوه: حصول اطمینان از اینکه زیرساختهای موجود نیازهای اولیه آموزش الکترونیکی را برآورده می‌سازند و فنآوری بکارگرفته شده برای دانشجویان قابل درک و روشن می‌باشد. همکاری نزدیک با دفتر فنآوری اطلاعات در هر مرحله از ایجاد و استقرار آموزش الکترونیکی. ارتقاء اجزا بر اساس رشد نیازمندیها در عوض خرید فنآوری که دارای امکاناتی اضافی می‌باشد که بکار نمی‌آیند.

4- فرهنگی که پذیرای آموزش الکترونیکی نباشد و یا هیچ اطلاعی از آن نداشته باشد.
فنآوری عالی و محتوای آموزشی ممتاز مورد قبول دانشجویان واقع نمی‌شود، مگر اینکه آنان از قبل آمادگی تجربه آموزش الکترونیکی را داشته باشند. آموزش الکترونیکی با آموزش کلاسی بسیار متفاوت است و اغلب اتفاق می‌افتد که کاربران بعنوان یک خط‌مشی آموزشی با چشم تردید به آن می‌نگرند.
بهترین شیوه: ساماندهی یک تیم از بخشهای مختلف سازمان که شامل بازرگانی، آموزش و مدیریت می‌شود، بمنظور تهیه مداوم اطلاعات، تجربیات و پشتیبانی مورد نیاز دانشجویان.

5- عینیت نیافتن آموزش الکترونیکی همراه با نتایج قابل اندازه‌گیری
قراردادن دوره‌های آموزشی در یک فهرست بلندبالا، استفاده از آنها را تضمین نمی‌کند. حتی تعداد دسترسی‌ها به این دوره‌ها هم بیانگر تعداد کاربرانی که مطلب را یاد گرفته‌اند نمی‌باشد. جلب حمایت مداوم مدیریت بستگی به نتایج قابل سنجشی دارد که تأثیر مستقیم در تجارت شرکت دارد.
بهترین شیوه: تعیین خط مبنای اندازه‌گیری مهارتهای کاربران و قراردادن مقاصدی برای رشد دانشجویان با استفاده از آموزش الکترونیکی. تدوین برنامه آموزش الکترونیکی برای هر کارمند همراه با تجربیاتی که باعث ایجاد دگرگونی در کارایی شغلی وی می‌شود و ترتیب دادن سیستمی برای اندازه‌گیری این نتایج.